El parque fue creado en 1923 como el Jardín de Introducción de Plantas de la Zona del Canal y su primer director fue el estadounidense David Fairchild de la oficina de Introducción de Plantas del Departamento de Agricultura de Estados Unidos.  Su función era introducir, propagar y diseminar especies tropicales de plantas, algunas de ellas de gran importancia económica (teca, caucho, café, azúcar), frutales (limón, mango, mangostín) y numerosas plantas ornamentales, medicinales o de interés agrícola. En el mismo año, fue establecido el centro de Investigación de Biología Tropical en la Isla Barro Colorado, actualmente manejado por el Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales, e inicia la construcción del Instituto Conmemorativo Gorgas de Medicina Tropical. Para el año 1930, el también llamado Jardín Botánico Summit albergaba más de 1,000 especies de plantas de diferentes partes del mundo tropical. En la actualidad contamos con especies procedentes de los cinco continentes y una gran colección de plantas nativas.